Dans le contexte d’une Semaine Européenne pour la Culture Scientifique et Technologique, promue par l’Union Européenne, l’European Southern Observatory (ESO) a organisé en novembre 1994 à son siège, à Garching près de Munich (Allemagne), un séminaire ouvert aux professeurs d’université de toute l’Europe. Des groupes de travail et de réflexions se sont concentrés sur le rôle de l’astronomie dans l’enseignement secondaire et ont élaboré une déclaration qui résume ces réflexions et souligne le besoin urgent d’une association européenne d’enseignants intéressés en Astronomie. Un bureau exécutif temporaire de six personnes a été mis en place dans le but de préparer dans les douze mois l’Assemblée Générale Constitutive, qui s’est tenue à Athènes, en Novembre 1995.

Une des principales tâches de ce bureau était d’éditer une " newsletter " périodique. La première lettre a été publié en juillet 1995.

En 1996, l’EAAE a pris son véritable départ avec une campagne d’information dans l’enseignement secondaire, les universités, les clubs d’astronomie amateur avec un projet appelé Astronomy On-line (AOL).

En 1997, la première université d’été s’est tenue en Espagne. Autour de 50 participants de 8 pays différents se sont réunis.

En 1998 ESA, ESO et EAAE ont organisé le projet Sea & Space dans lequel des enseignants et des étudiants d’au moins 30 pays européens ont pris part. Par la suite, la seconde université d’été EAAE s’est établie en Italie avec 50 participants de 10 pays. En septembre 1998, l’Assemblée Générale de l’EAAE s’est tenue à Stockholm avec plus de 60 participants de 19 pays.